2011年9月，山东省邹平县国税局纳税评估预警系统报警：某医药有限公司税负严重偏低，该公司2011年1月-6月企业实际缴纳税负0.39%，与同行业相比税负明显偏低。于是，该局决定将该公司列为重点稽查评估对象。
该医药有限公司于2009年8月办理税务登记，注册资本300万元，主要经营中成药、中药材、中药饮片、化学药制剂、化学原料药等的批发，以及一类医疗器械、化学试剂及消杀用品等的销售。
稽查人员采集了该公司有关数据进行了分析。2011年1月-6月，实现收入18986609.84元，销售成本18373859.99元，销售毛利率3.23%，上缴增值税74383.65元，增值税税负率为0.39%。2011年上半年销售毛利率异常偏低，企业可能存在少计收入、少计提销项税额的问题。
为查清问题，稽查人员决定兵分两路，一路进企业实地核实，一路从外围内查外调。实地核实人员从企业财务和仓库电脑中，拿到了企业真实的进货、销售和库存记录。通过将相关数据与企业账簿、凭证进行核对，发现企业账簿中销售收入不真实，进货、库存、销售不符。另一路内查外调人员行程1000多公里，核实账物七八百项，发现五六十家销售客户拿到的销售凭据有部分在企业的账簿、凭证中查不到，据此可以判断企业存在账外经营。
证据在手，稽查人员又耐心细致地说服教育，并多次向其阐明了国家税收政策及违法的严重后果，企业会计终于道出了实情：企业确实存在账外经营，有一部分销售业务没有入账。经过与企业财务人员的销售、库存数据核对，发现企业有183个品种的药品有销售未入账的问题，少计营业收入1465550.45元。
邹平县国税局根据有关税法的相关规定作出如下处理意见：该公司2011年上半年销售药品未计销售收入1465550.45元，应补缴增值税249143.58元。根据《税收征管法》的相关规定，加处罚款124571.79元，并按规定加收滞纳金。2011年上半年销售药品未计销售收入1465550.45元，加上企业资产负债表利润总额-449534.02，应调增应纳税所得额1016016.43元，补缴企业所得税254004.11元，加处罚款127005.56元，并按规定加收滞纳金。
